St Margarethen liegt auf 1065 m Seehöhe. Am Fuße des Berges Aineck.

Durch den Ort fließt der Leisnitzbach, ein Wildbach auf dessen Schüttkegel die Ortschaft entstanden ist.

Zur Gemeinde gehören noch die Weiler (Ortschaften) Pichlern, Staig, Triegen, Unterbayrdorf und Oberbayrdorf.

Am Ortsrand Richtung Thomatal konnte die Gemeinde vor Jahren die "Magatsch" als Bauland für junge Familien reservieren. Dort und auf dem Platz der ehemaligen "Kroma-Säge" konnten Einfamilienhäuser, Reihenhäuser und auch kleine Wohnblöcke errichtet werden.

Platz für viele junge Familien. Das ist mit ein Grund das St. Margarethen heute zu den "jüngsten" Gemeinden im Lungau zählt.